Biologiya fakültəsi BDU-nun nəzdində 1919-cu ildən fəaliyyət göstərən Tibb fakültəsinin bazası əsasında 1934-cü ildə formalaşmışdır. Universitetdə Tibb fakültəsinin nəzdində biologiya sahəsində bir neçə fənn tədris olunurdu. Fakültədə İnsan və heyvan fiziologiyası, Ümumi zoologiya, Botanika kafedraları fəaliyyət göstərirdi.
XX əsrin əvvəllərində biologiya elminin və onun müxtəlif istiqamətlərinin inkişafı, biologiya sahəsində aparılan fundamental elmi-tədqiqat işləri, onların nəticələri ölkədə bioloqlara, bioloq-müəllimlərə tələbat yaratmışdır və Azərbaycan Dövlət Universitetində biologiya fakültəsinin yaradılması zəruri hal almışdır. Bununla yanaşı, Azərbaycanın zəngin flora və faunası həmişə yerli və xarici alimlərin diqqət mərkəzində olmuşdur. 1920-ci illərin sonu, 1930-cu illərin əvvəllərində aparılan tədqiqatlar Azərbaycanda zoologiya elminin inkişafına təkan vermişdir. Həmin illərdə Respublikanın müxtəlif bölgələrinə A.A.Qrossheym, V.S.Yelpatyevski kimi alimlərin rəhbərliyi ilə çoxsaylı ekspedisiyalar təşkil edilmişdir. Onların tədqiqatları nəticəsində Azərbaycanın florası və faunası öyrənilmiş, A.A.Qrossheym tərəfindən Qafqaz, o cümlədən, Azərbaycanın florasını təsvir edən 4 cildlik "Qafqaz florası" (1928-1934) əsəri yazılmış, Respublikada bir sıra qoruqlar (xüsusilə Lənkəran və Muğan qoruqları) yaradılmışdır. Görkəmli zooloq, prof. V.S.Yelpatyevski tərəfindən Xəzər dənizi sahilləri boyu ekspedisiyaların təşkili də bu illərə təsadüf edir.
Əsası Azərbaycan Dövlət Universiteti ilə eyni vaxtda qoyulmuş İnsan və heyvan fiziologiyası kafedrasının yaradıcısı və ilk lektoru olmuş, məşhur
fizik, akademik Lev Landaunun anası, sovet fizioloqu və farmakoloqu Lyubov Qarkavi-Landau tərəfindən kafedranın maddi texniki baza ilə təmin edilməsi və buraya fiziologiya və tibb sahəsində Nobel mükafatı laureatı olmuş, məşhur fizioloq İ.P.Pavlovun tələbələrinin professor-alim heyətinə cəlb olunması həyata keçirilmişdir.
Biologiya fakültəsinin yaranması və inkişafında görkəmli alim və pedaqoqların böyük əməyi olmuşdur. Burada çalışmış akademiklər Aleksandr Derjavin, Aleksandr Qrossheym, Abdulla Qarayev, Müzəffər Abutalıbov, Cəlal Əliyev və digər mütəxəssislərin səyləri nəticəsində Azərbaycanda botanika, zoologiya, fiziologiya, bitki fiziologiyası, molekulyar biologiya, biotexnologiya kimi elm sahələrinin təməli qoyulmuşdur.
Fakültənin ilk dekanı prof. Dmitriy Şutov olmuşdur (1934-1935). Sonrakı illərdə fakültənin dekanı vəzifəsində prof. Vladimir Yelpatevski (1936-1938), prof. Səfər Ələkbərov (1939-1941 və 1948-1949), akad. Abdulla Qarayev (1942-1943), prof. Mirəli Axundov (1943-1944), dos. Əli 
Abdullayev (1945-1946), dos. Mirmusa Ağamirov (1947-1948), prof. Məmməd Qasımov (1949-1950), prof. Abdulla Ələkbərov (1951-1954 və 1957-1960), dos. Ənvər Musayev (1955-1956), prof. Abdulla Tağızadə (1961-1965), prof. Həbibə Qasımova (1965-1968), prof. Qara Mustafayev (1968-1972), prof. Hüseyn Hüseynov (1972-1975), prof. Arif İsmayılov (1975-1978), prof. Neymət Qasımov (1978-1988), prof. Ağavəli İbrahimov (1991-2010), əməkdar elm xadimi, prof. Akif Quliyev (1988-1990 və 2010-2020) çalışmışlar. 2022-ci ildən fakültənin dekanı əməkdar müəllim, professor Afət Məmmədovadır.
Səttar Əsədov, Hüseyn Həsənov, Mirəli Axundov, Məmməd Qasımov, Abdulla Ələkbərov, Abdulla Tağızadə, Tələt Qayıbov, Arif İsmayılov, Tofiq Məmmədov, Cəlal Əliyev, Həbibə Qasımova, Neymət Qasımov, Qara Mustafayev, Fərzəli Ağamalıyev, Xanlar Abdullayev, Akif Quliyev, Elşad Qurbanov və fakültədə çalışan digər alim və pedaqoqlar Universitetdə biologiya elminin və onun tədrisinin inkişafına böyük töhvələr vermiş, fakültənin elmi potensialının artırılması və yüksək ixtisaslı kadrların hazırlanmasında mühüm xidmətlər göstərmişlər.
Fakültənin ən böyük nailiyyətləri akademik Abdulla Qarayev tərəfindən nəzəri və eksperimental fiziologiyanın yaradılması, akademik Hüseyn Həsənov tərəfindən ali sinir sisteminin fəaliyyətinin tədqiqi, akademik Aleksandr Qrossheym tərəfindən Qafqazın və Azərbaycan florası və bitkiliyinin hərtərəfli tədqiqi, akademik Müzəffər Abutalıbov tərəfindən bitki fiziologiyasının bir istiqaməti olaraq kənd təsərrüfatı
bitkilərinin məhsuldarlığının artırılmasının tədqiqi, akademik Cəlal Əliyevin bitki fiziologiyası sahəsində fotosintez və fototənəffüs proseslərinin kompleks şəkildə tədqiqi ilə bitkilərin məhsuldarlığının fizioloji, biofiziki, biokimyəvi və molekulyar-genetik əsaslarının öyrənilməsi, akademik Səttar Əsədov tərəfindən zoologiya sahəsində parazitologiyanın nəzəri məsələlərinin tədqiqi, akademik Urxan Ələkbərov tərəfindən genetika sahəsində antimutagenezin tədqiqi, professor Mirəli Axundov tərəfindən 1937-ci ildə Genetika və təkamül təlimi kafedrasının təsis edilməsi və onun nəzdində Cənubi Qafqazda ilk və yeganə olan və hazırda onun adını daşıyan Təkamül təlimi muzeyinin formalaşdırılması ilə bağlıdır.
2020-ci ilədək fakültədə 8 kafedra – İnsan və heyvan fiziologiyası (1920), Botanika (1920), Zoologiya (1934), Bitki fiziologiyası (1934), Mikrobiologiya (1935), Genetika və təkamül təlimi (1937), Biokimya və biotexnologiya (1972), Biofizika və molekulyar biologiya (1976), 18 tədris laboratoriyası, Biostimulyatorlar(1961) və Biotexnologiya (1991) elmi-tədqiqat laboratoriyaları, Təkamül təlimi muzeyi, Quba rayonu Nügədi kəndində tədris-təcrübə bazası fəaliyyət göstərirdi.
Hazırda fakültədə 6 kafedra fəaliyyət göstərir: Biofizika və biokimya, Botanika və bitki fiziologiyası, Genetika, Molekulyar biologiya və biotexnologiyalar, Zoologiya və fiziologiya, İSECO-nun Biotibbi materiaların alınması.